空间代谢组分析（1）——分析环境

本分析会调用多套docker镜像。

质谱数据处理环境

可在常规分析环境中脚本调用质谱数据处理环境运行脚本

alanrace/imzmlconverter:https://hub.docker.com/r/alanrace/imzmlconverter

# 使用alanrace/imzmlconverter调用jimzMLConverter软件
docker run -i --rm \
-v /path/to/mydata:/mydata \
alanrace/imzmlconverter:latest \
jimzMLConverter imzML /mydata/data.RAW

# 使用alanrace/imzmlconverter调用脚本
docker run -i --rm \
-v /path/to/mydata:/mydata \
-v /path/to/script:/script \
alanrace/imzmlconverter:latest \
/script/XXX.script

# 使用alanrace/imzmlconverter
docker run -it --rm \
-v /path/to/mydata:/mydata \
-v /path/to/script:/script \
alanrace/imzmlconverter:latest \
bash

imzML预处理环境

可在常规分析环境中脚本调用预处理环境运行脚本

lujiawei/cardinalenv:https://hub.docker.com/r/lujiawei/cardinalenv

# 使用lujiawei/cardinalenv调用脚本
docker run -i --rm \
-v /public:/public \
-v /etc/sysconfig/docker:/etc/sysconfig/docker \
-v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /usr/bin/docker:/usr/bin/docker \
lujiawei/cardinalenv \
/path/to/script/XXX.script

# 使用lujiawei/cardinalenv
docker run -d --privileged \
-v /public:/public \
-v /etc/sysconfig/docker:/etc/sysconfig/docker \
-v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /usr/bin/docker:/usr/bin/docker \
-p 8082:22 -p 8789:8787 \
--name cardinalenv \
lujiawei/cardinalenv

常规分析环境

lujiawei/lumingos(加密，仅lujiawei账户可拉取，不对外使用):https://hub.docker.com/r/lujiawei/lumingos

# 使用lujiawei/lumingos调用脚本
docker run -i --rm \
-v /public:/public \
-v /etc/sysconfig/docker:/etc/sysconfig/docker \
-v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /usr/bin/docker:/usr/bin/docker \
lujiawei/lumingos \
/path/to/script/XXX.script

# 使用lujiawei/lumingos
docker run -d --privileged \
-v /public:/public \
-v /data/mzdata:/data/mzdata \
-v /etc/sysconfig/docker:/etc/sysconfig/docker \
-v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock \
-v /usr/bin/docker:/usr/bin/docker \
-p 8080:22 -p 8787:8787 -p 3838:3838\
--name ssh \
lujiawei/lumingos
# 通过22端口进入容器后开启以下功能
rstudio-server start
nohup shiny-server &
# 可通过ip:8787链接使用rstudio-server