分析流程说明

  1. 质谱数据处理，将raw格式转化为imzML格式

  2. imzML预处理

    1. 多imzML文件合并
    2. 参照样本选择(默认导入第一个imzML数据为参照样本，可选择)
    3. 参照样本y轴(保留时间)对齐处理(处理方式)
    4. 参照样本背景扣除
    5. 参照样本峰对齐，导出mz数据
    6. 其余样本y轴(保留时间)对齐处理
    7. 其余样本背景扣除
    8. 以mz数据对其余样本峰对齐

  3. 样本分割

    1. 玻片排样规则表格填写
    2. 根据排样规则对imzML数据切割
    3. 初始样本imzML数据,并绘制成像图
    4. 根据成像图判断是否背景扣除准确，是否样本分给准确
    5. 根据成像图修整将样本imzML人工修整
    6. 样本数据聚类分析
    7. 将聚类分析可视化结果给客户作为选区参考

  4. 样本选区

    1. 人工或聚类选区
    2. 导出选区质谱成像图、选区信息数据、mean和all定量数据
    3. 将选区、分组、比较组信息整理

  5. 搜库定性(根据mz数据定性)

  6. 比较分析

空间代谢分析流程图


分析脚本流程

# 创建项目文件夹
mkdir filename
cd filename

# 将空间质谱数据放入raw文件夹中
# raw文件格式，根据正负离子创建文件夹，后将根据玻片或样本创建文件夹
.filename
|── raw
|	|── neg
|	|	|── sample1
|	|	|	|-- sample1-001.raw
|	|	|	|-- sample1-002.raw
|	|	|	|-- ···
|	|	|── sample2
|	|	|	|-- sample2-001.raw
|	|	|	|-- sample2-002.raw
|	|	|	|-- ···
|	|	|-- ···
|	|── pos
|	|	|	|-- sample1-001.raw
|	|	|	|-- sample1-002.raw
|	|	|	|-- ···
|	|	|── sample2
|	|	|	|-- sample2-001.raw
|	|	|	|-- sample2-002.raw
|	|	|	|-- ···
|	|	|-- ···

# 将raw格式转化为imzML格式
/public/LM-database/script/SpatialMetaboAnalysis/CallRawToImzML.sh

# 多imzML文件合并
/public/LM-database/script/SpatialMetaboAnalysis/MulImzMLToOne.sh
# 上述脚本生成imzml目录后生成相应文件
.filename
|── imzml
|	|── neg
|	|	|── sample1
|	|	|	|-- silde.imzML
|	|	|── sample2
|	|	|	|-- silde.imzML
|	|	|-- ···
|	|── pos
|	|	|── sample1
|	|	|	|-- silde.imzML
|	|	|── sample2
|	|	|	|-- silde.imzML
|	|	|-- ···